Crédit d’impôt recherche (CIR) et la Sous-Traitance

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est un dispositif fiscal phare pour encourager les entreprises à investir dans la recherche et le développement (R&D). Il offre un soutien financier important, notamment en intégrant dans son calcul les dépenses engagées pour des opérations de recherche externalisées à des organismes agréés.

Une demande de crédit d’impôt recherche (CIR) soulève des questions techniques complexes, allant de la qualification des projets et de la justification des fiches de temps du personnel jusqu’à l’encadrement des prestations confiées à des organismes tiers agréés et à la contestation des rapports d’expertise émis par les experts mandatés par ministère chargé de la recherche.

La dépense de sous-traitance, du seul fait que le prestataire soit agréé et qu’une facture existe, n’est pas suffisante pour qu’elle soit éligible au dispositif CIR . 

Il faut encore établir la nature des travaux, leur lien avec une opération de recherche, le montant retenu et son rattachement à la bonne année.

Cet article détaille les principales règles fiscales relatives aux dépenses de recherche éligibles, en insistant particulièrement sur les opérations de R&D confiées à des organismes extérieurs ou expert scientifique, les conditions d’éligibilité, comment structurer les dépenses, et les modalités pratiques.

 

I. Organismes de recherche éligibles au CIR

Pour que les dépenses externalisées ouvrent droit au CIR, il est impératif que l’organisme ou l’expert scientifique qui réalise les travaux soit agréé par le ministère chargé de la recherche, conformément à l’article 244 quater B du Code Général des Impôts (CGI), à la nature des travaux et aux plafonds légaux.

Critères d’agrément

• L’organisme doit prouver sa capacité à mener par ses propres moyens des opérations de recherche scientifique et technique, suivant une démarche scientifique définie.
• Cet agrément vise à garantir la qualité et la pertinence des résultats obtenus par les entreprises qui externalisent leurs travaux.

Consultation et reconnaissance

• La liste des organismes agréés est disponible auprès du ministère chargé de la recherche.
• Pour les organismes établis dans l’Union européenne ou dans l’Espace économique européen, un agrément similaire délivré par l’autorité compétente locale est reconnu, en complément ou en substitution de l’agrément français.

Vérification :

• Le donneur d’ordre doit consulter la liste officielle des entités agréées publiée par le ministère. Mentionnez dans le contrat le numéro, la période de validité et conservez une copie
• Expiration de l’agrément en cours de projet suite à une demande de retrait de la part du prestataire, les dépenses sont valorisables si le contrat a été signé alors que l’agrément était valide

→  Vérifiez systématiquement l’agrément avant toute contractualisation

 

II. Dépenses de recherche éligibles

 

A. Les dépenses doivent correspondre à des opérations de recherche externalisées ou à des travaux scientifiques et techniques indispensables à la réalisation d’opérations de recherche éligibles menées en interne par le donneur d’ordre

La base de calcul du CIR inclut les dépenses afférentes à des opérations de R&D externalisées indispensables à la réalisation d’opérations éligibles, nettement individualisées, réalisées soit en totalité par un organisme de recherche tiers, soit en collaboration avec ce dernier.

Le tableau ci-après présente 2 types de relation contractuelle les travaux externalisés et en collaboration par opposition aux prestations de services ne relevant pas de la R&D

 

Nature des travaux externalisés	Modalités d’externalisation	Caractéristiques clés	Type de facturation	Appellation courante
R&D : Satisfaire aux 5 critères du Manuel de Frascati : –   Nouveauté –   Créativité –   Incertitude –   Systématisation –   Transférabilité/et ou reproductibilité	“Pour le compte de” ou “confié complètement à”	1)Cahier des charges défini par le donneur d’ordre, 2)qui détention les résultats 3) assume les risques y compris les échecs 4) le tiers réalise les travaux de R&D	Coût complet margé, Et L’obligation de moyens	Recherche contractuelle, ou service de recherche ou prestation de recherche
R&D : : Satisfaire aux 5 critères du Manuel de Frascati	“Mené en collaboration”	1)Objectif défini en commun et division du travail 2) Partage des risques 3) Partage des résultats 4) Contrat conclu avant le début du projet	Coût complet partagé + Obligation de moyens	Collaboration de recherche / contrat de collaboration
NON R&D Travaux techniques	“Confié à”	Prestation définie par le donneur d’ordre : 1) analyse et résultat attendus 2) le tiers réalise la prestation 3) le donneur d’ordre détient les résultats ou autres livrables	Coût complet margé + Obligation de résultats	Prestation technique/ sous-traitance technique/Sous-traitance technique

 

La recherche contractuelle (dite aussi « recherche de service » ou « prestation de service ») correspond à une opération de R&D menée pour le compte de l’entreprise donneuse d’ordre, dans les conditions suivantes :

• l’entreprise qui externalise un projet définit clairement le cahier des charges ;
• détient les résultats
• assume le risque d’échec
• le prestataire est rémunéré selon un prix de marché augmenté d’une marge établie sur celles généralement appliquées dans le secteur du service concerné, ou qui est le résultat de négociations

La Collaboration de recherche (ou CICo)

• Les parties poursuivent un objectif commun ;
• la collaboration est fondée sur une répartition du travail ;
• partagent les risques notamment financiers, technologiques et scientifiques ;
• partagent les résultats.

1. Dans le cadre d’une collaboration de recherche, une entreprise partie à la collaboration peut intégrer dans la base de calcul de son CIR les montants facturés par une autre partie à la collaboration, sous réserve qu’il s’agisse de dépenses éligibles, que ce flux financier soit prévu par l’équilibre du contrat de collaboration et que la partie qui émet la facture n’intègre pas ces dépenses dans son propre CIR. Il est précisé que les montants facturés n’intègrent pas de marge.
2. Le contrat doit être conclu avant le début du projet, et préciser les termes et les conditions concernant notamment les contributions à ces coûts, le partage des risques et des résultats, la diffusion des résultats, les règles d’attribution de droits de propriété intellectuelle (DPI). Les dépenses facturées doivent correspondre aux coûts réels sans marge.

→ Conditions rarement réalisées par les parties au contrat. Souvent, la collaboration démarre avant la signature du contrat qui constitue un motif de rejet de l’éligibilité des dépenses.

3. Un contrat de collaboration encadrant une thèse CIFRE (convention industrielle de formation par la recherche) est éligible au CIR, si l’examen du contrat et de ses annexes permet d’identifier le programme de recherche qui est l’objet du contrat et la contribution de chacun (annexe scientifique) ainsi que l’apport respectif des parties (annexe financière).

Les Travaux techniques, ne constituant pas de la R&D, mais indispensables

Certaines dépenses pour travaux scientifiques ou techniques, externalisés, ne constituant pas directement des opérations de R&D mais nécessaires à la réalisation d’une opération de recherche éligible au CIR menée en interne par l’entreprise donneuse d’ordre, peuvent être prises en compte dans la base du calcul du CIR de cette dernière.

Dans sa décision « FNAMS », le Conseil d’État a jugé que les dépenses afférentes aux travaux de recherche externalisés accessoires, mais nécessaires aux projets de recherche menés par l’entreprise donneuse d’ordre, devaient être intégrées dans l’assiette du CIR quand bien même ces travaux ne constituent pas en eux-mêmes des opérations de recherche (CE, décision du 22 juillet 2020, n° 428127, ECLI:FR:CECHR:2020:428127.20200722).

 

III. Réalisation des opérations de recherche par les organismes ou expert : comment structurer les dépenses de recherche ? 

 

1. Règle des 3X

Vos dépenses de sous-traitance ne peuvent pas dépasser trois fois vos dépenses de recherche internes éligibles. Une entreprise qui ne supporte aucune autre dépense de recherche ne peut donc pas simplement faire entrer toutes ses factures privées agréées dans l’assiette.

2. Les plafonds annuels

• • >10 M€ si le prestataire n’a pas de lien de dépendance
  • >2 M€ en cas de lien de dépendance (filiale, contrôle, royaltie…). Ce plafond est inclus dans le plafond global de 10M€

« Un lien de dépendance est réputé exister entre deux entreprises, soit lorsque l’une détient directement ou par personne interposée la majorité du capital social de l’autre ou y exerce en fait le pouvoir de décision, soit lorsqu’elles sont placées l’une et l’autre sous le contrôle d’une même tierce entreprise »

→  Appliquer les limites dans un ordre lisible

1. Identifier les dépenses externalisées qui répondent aux conditions de fond.
2. Calculer la limite liée aux autres dépenses de recherche de l’entreprise.
3. Vérifier le plafond correspondant à l’existence ou non d’un lien de dépendance.
4. Retenir le montant le plus faible issu de ces contrôles.

Ces calculs gagnent à apparaître sur des lignes séparées. Une réduction globale non expliquée est difficile à rapprocher des factures et de l’assiette.

3. Neutralisation chez le sous-traitant

Pour éviter un double avantage, le prestataire agréé CIR qui facture des travaux de R&D doit déduire cette part de sa propre assiette CIR.

4. Dépenses de premier rang valorisables au titre du crédit impôt recherche

Les opérations doivent être réalisées directement par les organismes privés ou assimilés, ou privés agréés auxquels elles ont été confiées : prestataire de premier rang

• Ces derniers peuvent sous-traiter des travaux indispensables à d’autres organismes agréés jusqu’au second rang, mais pas à des tiers non éligibles ou de troisième rang.

• Les contrats doivent être précis : rôle de chacun, livrables, temps passé, propriété des résultats…

→ Évitez les chaînes successives de sous-traitance. Elles fragilisent la traçabilité et peuvent bloquer l’éligibilité.

Exemple : Soit une entreprise E qui a réalisé au titre de l’exercice clos le 31 décembre N des opérations de recherche en interne éligibles au crédit d’impôt pour un montant de 800 000 €, confié des travaux de recherche pour un montant de 3 M€ à un organisme de recherche éligible (peu importe son statut juridique) agréé par le ministre chargé de la recherche sans lien de dépendance au sens du 12 de l’article 39 du CGI entre les deux entités.

Les travaux ont été réalisés directement par l’organisme de recherche.

1/ Première limite applicable : les dépenses afférentes aux travaux de recherche externalisés sont éligibles dans la limite de trois fois le montant total des autres dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d’impôt, soit un plafond de : 2,4 M€ (800 000 € x 3).

Le montant éligible au titre des opérations externalisées auprès de l’organisme de recherche agréé est donc limité à 2,4 M€.

2/ Seconde limite applicable : les deux entités n’ayant pas de lien de dépendance, le plafond applicable prévu au d ter du II de l’article 244 quater B du CGI est de 10 M€.

En conséquence, il est appliqué le plus bas des deux plafonds. Le montant des opérations de recherche externalisées éligibles au crédit d’impôt au titre de l’exercice N est égal à 2,4 M€.

 

IV. Les modalités pratiques

Contrat, preuves et traçabilité

 

A. La recherche contractuelle (dite aussi service ou prestation de recherche)

Avant signature :

• Définissez : l’objectif, le cahier des charges, la répartition des tâches, le calendrier, le pilotage, le planning …
• Inscrire le numéro et période de validité de l’agrément CIR
• Prévoir : les comptes rendus, rapports techniques
• Vérifiez si lien de dépendance

B. Le contrat de collaboration de recherche

• Les termes et conditions d’un contrat de collaboration de recherche, concernant notamment les contributions à ses coûts, le partage des risques et des résultats, la diffusion des résultats, les règles d’attribution de droits de propriété intellectuelle (DPI) et l’accès à ceux-ci, doivent être conclus avant le début du projet.

Dans le cadre d’une collaboration de recherche, une entreprise partie à la collaboration peut intégrer dans la base de calcul de son CIR les montants facturés par une autre partie à la collaboration, sous réserve qu’il s’agisse de dépenses éligibles, que ce flux financier soit prévu par l’équilibre du contrat de collaboration et que la partie qui émet la facture n’intègre pas ces dépenses dans son propre CIR. Il est précisé que les montants facturés n’intègrent pas de marge.

• Un contrat de collaboration encadrant une thèse CIFRE (convention industrielle de formation par la recherche) est éligible au CIR, si l’examen du contrat et de ses annexes permet d’identifier le programme de recherche qui est l’objet du contrat et la contribution de chacun (annexe scientifique) ainsi que l’apport respectif des parties (annexe financière).

 C. L’exécution de la prestation de recherche

• Lien vers les projets
• Les fichiers temps des activités de recherche, en distinguant les activités de non recherche
• Rapports et preuves techniques et scientifiques, documentation, publications
• Contrôle de chaque phase des projets de recherche

 D. La facturation

Les factures doivent clairement indiquer les parts réalisées directement ou sous-traitées, avec les identités des sous-traitants agréés, établir la nature des travaux, leur lien avec une opération de recherche, le montant retenu et son rattachement à la bonne année.

Chaque somme doit être rattachée à l’exercice déclaré.

Une facture datée ne règle pas automatiquement la question. Pour une bonne lisibilité comptable, il est important de rattacher les échéances contractuelles, d’identifier les acomptes, vérifier les paiements.

1. Recensez les contrats, avenants et échéanciers.
2. Rapprochez chaque facture avec les travaux et livrables correspondants.
3. Identifiez les paiements partiels ou intervenus après la clôture.
4. Justifiez du rattachement retenu pour la déclaration.

Dans un arrêt du 29 juillet 2024, arrêt Neomerys, la cour administrative d’appel de Toulouse a écarté certaines dépenses déclarées au titre de 2019. Pour plusieurs contrats, les versements étaient prévus plus tard et l’entreprise n’avait pas démontré leur paiement en 2019. De plus, les factures produites ne suffisaient pas à établir ce règlement, la corrélation avec les travaux de R&D effectués par le prestataire.

Il ne s’agit pas d’une règle nouvelle applicable à tous les dossiers. Cet arrêt montre que les dépenses externalisées ouvrent droit au CIR : a) si l’organisme ou l’expert scientifique qui réalise les travaux est agréé par le ministère chargé de la recherche, conformément à l’article 244 quater B du Code Général des Impôts (CGI), b) au regard de la nature des travaux, c) répond aux plafonds légaux, d) au regard au contrat, à la facturation et à la preuve du paiement.

→ Cet arrêt montre les conséquences lorsque le contrat, la facture, la comptabilité et la preuve du paiement omettent des détails et liens entre eux.

Avant tout calcul, la prestation doit être rattachée à une opération de recherche éligible menée par le donneur d’ordre. Une mission d’ingénierie courante, d’assistance ou de conseil ne devient pas de la R&D parce qu’elle est confiée à un organisme agréé.

E. Sécuriser

Le chemin doit rester lisible : montant déclaré, projet(s), rôle du prestataire, travaux réalisés, livrables, facture, règlement et plafonnement.

En pratique, cette continuité s’effectue pendant l’année. Les équipes de recherche, les dépenses et la trésorerie, les modalités comptables doivent rapprocher leurs informations au fil de l’eau. Un contrat imprécis, ou un paiement mal identifié est toujours plus contraignant à expliquer.

La sous-traitance et la recherche collaborative répondent à des règles différentes. En sous-traitance, la dépense reste rattachée au CIR du donneur d’ordre. Le CICo répond à une autre logique : objectif commun, enjeux juridiques, partage des risques, résultats, Propriété intellectuelle (PI) et travaux menés par un Organisme de Recherche et de Diffusion des Connaissances agréé (ORDC).

La nature des opérations reste la première condition à ne pas négliger avant tout calcul du CIR

 

Conclusion

Le dispositif du Crédit d’Impôt Recherche offre un avantage fiscal majeur aux entreprises qui investissent dans la R&D, notamment en leur permettant d’intégrer dans la base de calcul les dépenses externalisées à des organismes agréés. Le respect des conditions d’agrément, des modalités précises de collaboration ou de sous-traitance, ainsi que le plafond applicable sont des éléments essentiels pour sécuriser la prise en compte de ces dépenses.

Cela permet aux entreprises de bénéficier d’un soutien fiscal tout en externalisant intelligemment certaines phases clés de leur innovation, tout en s’assurant de la qualité scientifique et technique des travaux réalisés.

Rédigé par

Marilena CANDIDO DELLA MORA, Fiscaliste, ancien inspecteur des finances publiques

Sources :

• Article 244 quater B du CGI
• BOI-BIC-RICI-10-10-30-20
• Ministère chargé de la recherche (liste des organismes agréés)

Vous souhaitez valider l’éligibilité de vos projets collaboratifs ou sécuriser vos contrats de R&D ? Nos experts vous accompagnent dans la structuration et la sécurisation de vos dispositifs fiscaux.

Demander notre avis ou un audit?

Demander un audit

 

Pourquoi choisir CEFIR Consulting ?

• Expertise financière et scientifique : Une équipe de fiscalistes et d’enseignants-chercheurs (Grandes Écoles).
• Accompagnement complet : Montage des dossiers, conformité, optimisation fiscale.
• Sécurisation de vos financements : Évitez les risques de redressement ou de remboursement.

Prêt à sécuriser vos aides et subventions ? pour un accompagnement sur-mesure, un expertise ou un audit

Contactez-nous dès maintenant

✉️ contact@cefirconsulting.com

📞 06 13 79 46 77