Découvrez comment anticiper et sécuriser votre contrôle fiscal du CIR grâce à l’IA et à l’accompagnement expert de CEFIR Consulting.
Optimisez vos chances de succès et évitez les redressements.
Le contrôle fiscal du CIR vous inquiète ?
L’intelligence artificielle et les algorithmes de l’administration fiscale transforment les règles du jeu. Ne laissez rien au hasard : sécurisez votre dossier, anticipez les risques et maximisez vos chances de succès avec l’accompagnement sur-mesure de CEFIR Consulting.
Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est un levier stratégique pour les entreprises innovantes, mais son contrôle fiscal peut s’avérer complexe et risqué. Avec l’avènement de l’intelligence artificielle, les méthodes de contrôle évoluent : les administrations fiscales utilisent désormais des algorithmes sophistiqués pour détecter les anomalies, tandis que les entreprises peuvent s’appuyer sur des outils prédictifs pour optimiser leur conformité.
Comment sécuriser votre CIR face à un contrôle fiscal ? Quelles sont les modalités pratiques du contrôle ? Comment répondre aux exigences du MESR et de l’administration fiscale ? Quels sont les pièges à éviter et les bonnes pratiques pour constituer un dossier solide ?
CEFIR Consulting, fort de son expertise en fiscalité et en accompagnement scientifique, vous guide pas à pas pour transformer le contrôle fiscal en opportunité de sécurisation et de gain de temps.
1. L’impact de l’IA sur le contrôle fiscal du CIR
L’intelligence artificielle révolutionne aussi bien l’optimisation fiscale que les méthodes de contrôle :
- Pour les entreprises : des outils prédictifs permettent de simuler l’impact fiscal de vos décisions et d’identifier les structures optimales.
- Pour l’administration : des algorithmes ciblent les anomalies et les risques de fraude, rendant la transparence et la documentation encore plus cruciales.
👉 Enjeu : Cette course technologique modifie l’équilibre entre contribuables et autorités fiscales. La clé ? Une approche proactive, documentée et transparente.
2. Les modalités pratiques du contrôle fiscal du CIR
Votre CIR n’est définitivement acquis qu’après l’expiration du délai de reprise de l’administration (31 décembre de la 3ᵉ année suivant le dépôt de la déclaration n°2069A).
- Rescrit et contrôle sur demande : ce sont des mesures de sécurisation, qui atténuent le risque de remise en cause du CIR, mais d’effet limité : ils ne peuvent valider que certains points précis et non le CIR dans sa totalité.
- Risque de contestation : même avec un dossier solide, l’administration peut porter un regard différent ou demander des justificatifs complémentaires.
Finalités du contrôle fiscal :
- Dissuasive : prévenir les comportements à risque. Elle invite à faire preuve de civisme fiscal
- Budgétaire : récupérer les montants éludés.
- Répressive (rare pour le CIR) : sanctionner la fraude.
👉 Votre objectif : Être capable de répondre aux questions de l’administration et de l’expert scientifique mandaté.
2.1. L’Organisation du contrôle du CIR
A. L’Intervention de l’Administration fiscale
Les opérations de contrôle fiscal du CIR peuvent être menées par les agents des services de vérifications (DGE, DVNI, DIRCOFI, Brigade départementale) et par les services dépendant du ministère en charge de la recherche (MESR).
Le contrôle fiscal se déroule de la manière suivante :
| L’Administration Fiscale | MESR* ou DRARI** | Délais de réponse par le contribuable | |
| Avis de vérification + Charte du contribuable | Saisine du MESR (DGRI ou DREETS) par le service vérificateur pour examen scientifique des opérations de R&D déclarées au CIR | ||
| 1ère Demande d’informations complémentaires par l’expert si nécessaire. | 30 jours à compter de la réception de la demande. | ||
| 2ème Demande d’informations complémentaires par l’expert si nécessaire | 30 jours à compter de la réception de la demande | ||
| Possibilité de rencontre avec l’expert (une faculté et non une obligation pour le MESR) | |||
| Avis définitif, consultatif, notifié à l’Administration et au contribuable | |||
| ACCEPTATION FIN DU CONTRÔLE – CIR ACCEPTE |
Proposition de rectification contradictoire | Nouvelle expertise |
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| ACCEPTATION FIN DU CONTRÔLE – CIR ACCEPTE |
Analyse des observations et réponse n° 3926-SD par le service au contribuable | Réponse aux observations de l’administration Saisine du comité consultatif dans le délai de 30 jours à compter de la réponse n° 3926-SD de l’administration fiscale aux observations du contribuable |
|
| Analyse des réponses du MESR, des recours hiérarchiques | Les Recours hiérarchiques | ||
| ACCEPTATION – FIN DU CONTRÔLE CIR |
ABSENCE D’ACCORD En attente de l’Avis du Comité consultatif CIR |
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| ABSENCE D’ACCORD – Maintien des rappels | ABSENCE D’ACCORD Contentieux fiscal |
* Ministère de l’Enseignement Supérieur de la Recherche
** Délégation Régionale Académique à la Recherche et à l’innovation
3. Le rôle clé du MESR et comment y répondre
L’administration peut solliciter l’appui du MESR (Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche) mais qui n’est pas obligatoire, pour évaluer la réalité de vos dépenses de recherche.
Le MESR a recours à des experts issus des organismes publics de recherche ou d’établissements d’enseignement supérieur.
Il procède à une expertise sur pièces ou sur place : les experts ont un pouvoir d’investigation approfondi (art. R* 45-B-1 du LPF).
A. Les garanties du contribuable
- En application des dispositions de l’art. R*45 B-1-II du Livre des procédures Fiscales, l’expert chargé du contrôle de la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses déclarées envoie à l’entreprise contrôlée une demande d’éléments justificatifs. L’entreprise répond dans un délai de 30 jours, prorogeable de la même durée en produisant tous les documents nécessaires à l’expertise notamment les documents scientifiques et techniques nécessaires à l’appréciation de l’éligibilité des opérations de recherche réalisées en interne, ou réalisées par un organisme de recherche dans le cadre d’une collaboration de recherche, ou confiées à un prestataire…
- Si les éléments fournis à la demande de l’expert ne permettent de mener à bien l’expertise, une seconde demande d’informations complémentaires à laquelle il conviendra de répondre dans le délai de 30 jours.
- Dans ce délai, l’entreprise pourra solliciter un entretien avec l’expert pour clarifier la situation.
- Notification à l’entreprise : l’avis sur la réalité de l’affectation à la recherche, émis par l’expert est notifié à l’entreprise, motivé lorsque la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prise en compte pour le CIR est contesté.
- Notification au service vérificateur de l’administration fiscale : l’avis et les copies de documents sont communiqués
- Le renouvellement du contrôle
En cas de désaccord avec les conclusions de l’expert du MESR, une seconde expertise est parfois organisée. Ce n’est pas systématique et dépend du bon vouloir de l’interlocuteur au sein du service ayant mandaté l’expert scientifique. Il ne s’agit pas d’un recours hiérarchique mais une démarche informelle pour que soit porté un second regard sur le dossier, par un nouvel expert, voire le même, s’il veut bien reconsidérer sa première opinion, au vu des éléments nouveaux que lui fournit l’entreprise .
B. Comment répondre efficacement ?
- Le Dossier scientifique et technique : précis, synthétique, conforme au Guide du CIR qui n’a aucune valeur réglementaire et au Manuel de Frascati. Le « Guide du CIR » ne peut se substituer aux textes législatifs et réglementaires ainsi qu’aux instructions fiscales. Il doit regrouper la qualification des personnels, justifier des dépenses externalisées. Concernant la justification des dépenses de sous-traitance, l’entreprise doit décrire la contribution de chaque sous-traitant et fournir en annexe contrats, livrables, factures…
- La Justification des dépenses : temps de personnel, sous-traitance, partenariats, livrables.
L’entreprise doit s’assurer de l’adéquation entre les temps déclarés et les travaux décrits, pour chaque personnel. Un fichier temps explicite devra être remis - La Réponse point par point aux observations du MESR.
👉 Les experts de CEFIR Consulting vous prépare à l’entretien avec l’expert et sécurise votre dossier.
4. Les principaux motifs de redressement liés au CIR et comment les éviter :
- Eligibilité du (es) projet(s) de recherche
- Eligibilité des dépenses de personnel affecté aux opérations de recherche
- Eligibilité des dépenses de sous-traitance
A. Eligibilité du (es) projet(s) projets de recherche
L’interprétation de l’administration fiscale est fondée sur l’article 49 septies F, annexe III au CGI, et sur les critères d’identification des opérations éligibles (5 critères – Manuel de Frascati) au Crédit d’Impôt Recherche qui englobent les travaux de création entrepris de façon systématique en vue d’accroitre des connaissances ainsi que l’utilisation de ces connaissances pour de nouvelles applications.
En l’absence de saisine du MESR
Quand bien même l’administration fiscale considèrerait que les opérations de recherche soient éligibles, la production des justificatifs des dépenses affectées à la recherche en corrélation aux travaux de recherche devront être produits sous peine de se voir rejeter les dépenses afférentes (cf. fichiers/ logiciels/conventions et contrats/factures…).
B. Eligibilité des dépenses de personnel
Au cours des interventions de contrôle, le service vérificateur se fait présenter les modalités de gestion de la société au regard du logiciel comptable et du logiciel servant au suivi des heures dédiées à la recherche en matière de CIR pour :
- Contrôler la répartition du temps de travail de chacun des salariés qui ont contribué aux projets de recherche ouvrant droit à un crédit d’impôt,
- Contrôler le temps déclaré pour chacun des salariés au titre des projets de recherche et leur répartition sur chacune des phases des projets,
- S’assurer de la cohérence des données.
Consultez notre article dédié à la justification des temps affectés à la R&D.
Pour bénéficier du CIR, l’entreprise doit être en mesure de justifier de la réalité et la nature des tâches effectuées par le personnel affecté à la recherche et développement et le détail du temps effectivement passés sur ces temps précis.
C. Eligibilité des dépenses de sous-traitance : agrément CIR, contrats, livrables, description des travaux.
L’organisme de recherche (public, assimilé public ou privé) ou l’expert scientifique ou technique qui réalise de opérations de recherche pour le compte d’une entreprise donneuse d’ordre doit être agréée.
- Pour chaque organisme tiers, il conviendra de fournir un dossier :
- l’agrément CIR de l’organisme externe
- les factures détaillées
- le(s) contrats
- le(s) cahier(s) cahier(s) des charges ou annexe(s) scientifique(s) des partenariats
- la liste des livrables.
D. L’Administration fiscale adresse à l’entreprise une proposition de rectification motivée (L. 57 à L.65 du LPF).
Suite au rapport notifié par le MESR ou DRARI au contribuable et à l’administration fiscale
- Le simple renvoi à la notification des résultats de la vérification par le MESR ne pourra être regardé comme une motivation suffisante des rehaussements notifiés par l’administration fiscale. Fait rarissime aujourd’hui.
- Les éléments communiqués par ledit ministère doivent donc figurer en clair dans le corps de la proposition de rectification. La motivation est donc suffisante sur le caractère scientifique des opérations de recherche lorsqu’elle mentionne et joint le rapport de l’expert.
Dans tous les cas, l’administration fiscale demeure seule compétente pour l’application des procédures de rectification au crédit d’impôt mentionné à l’article 244 quater B du CGI, dans le cadre de l’exercice de son droit de contrôle (LPF, art. L. 10 et suivants ; LPF, art. L. 45 B).
Si le différend persiste après l’achèvement des opérations de vérification, le litige passe dans sa phase contentieuse après l’avis de mise en recouvrement des rappels effectués par l’administration. L’entreprise devra attacher le plus grand soin lors de cette phase, gage d’une défense efficace de ses intérêts.
5. Le Comité consultatif
Afin d’améliorer les relations entre les contribuables et l’administration fiscale en cas de contrôle portant sur le crédit d’impôt recherche (CIR) ou sur le crédit d’impôt en faveur de la recherche collaborative (CICo), l’article 1653 F du code général des impôts (CGI) a institué un comité consultatif des crédits d’impôt pour dépenses de recherche.
Les modalités de calcul sont complexes et l’éligibilité de certaines dépenses pose régulièrement des questions d’interprétation. Le comité consultatif du CIR a vocation à servir de médiateur entre l’administration fiscale et les entreprises en cas de litiges relatifs au CIR.
Les entreprises souhaitant saisir le comité consultatif du CIR transmettent au service vérificateur, dans un délai de 30 jours à compter de la réception de la réponse de l’administration à ses observations (n°3936-SD) leur demande de saisine du comité.
Dans un délai de 60 jours à compter de la demande de saisine du comité consultatif, le contribuable transmet au service vérificateur un document de synthèse des contestations, conforme au modèle établi par l’administration (formulaire n°2211-SD – décret 2021).
En cas de saisine du comité consultatif par un contribuable, l’administration qui doit exposer ce désaccord dans un rapport (n°2210-CIR) doit surseoir à l’établissement de l’imposition dans l’attente de la notification au contribuable de l’avis rendu par le comité.
La procédure devant le comité consultatif est contradictoire.
L’avis du comité consultatif doit être motivé.
Cas ou le comité consultatif n’est pas compétent :
- en cas d’application de la procédure d’imposition d’office ou en cas d’application de la procédure de l’abus de droit fiscal (LPF, art. L. 64).
- après l’établissement du rôle ou l’émission de l’avis de mise en recouvrement correspondant à la rectification proposée. À ce stade, le litige ne peut en effet être tranché que dans le cadre d’une réclamation contentieuse.
- la demande n’est pas recevable n’est pas recevable lorsqu’il s’agit d’une question de droit.
- lorsque le contribuable présente de simples observations qui sont totalement prises en considération par le service vérificateur, il n’y a plus de désaccord et le comité consultatif ne saurait être saisi.
6. L’accompagnement CEFIR Consulting : votre atout sécurité
Pourquoi choisir CEFIR Consulting ?
- Une Expertise fiscale et scientifique : Marilena CANDIDO DELLA MORA, ancien cadre de la DGFIP et une équipe d’enseignants-chercheurs formés par le MESR vous accompagnent.
- Un Accompagnement complet : du dépôt de la demande CIR à l’expiration du délai de reprise.
- La Sécurisation : remboursement rapide, gain de temps, relation de confiance avec l’administration.
En cas de contrôle fiscal, CEFIR Consulting est à vos côtés.
Prêt à sécuriser votre CIR et à anticiper sereinement un contrôle fiscal ?
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